聊城大学运河学研究院成立于2012年6月，其前身是聊城大学运河文化研究中心，是国内首家以运河及其区域社会为研究对象的院级科研实体单位，拥有山东省社科规划重点研究基地“运河文化研究基地”和山东高校“十二五”人文社科研究基地“运河与区域经济社会发展研究中心”。下设“运河史”“运河区域社会经济发展”“运河文化”三个研究中心和一个编辑部（负责编辑《大运河蓝皮书》和《运河学研究集刊》）。截止2017年9月，研究院共有专职科研人员18人，其中教授4人、副教授3人，拥有博士学位者16人，同时聘请邹逸麟、李孝聪、赵毅、赵世瑜、孙竞昊、吴滔等运河研究专家为兼职教授。研究领域涵盖历史学、文学、地理学、社会学、人类学、艺术学、图书馆与情报学等多个学科门类，在专门史和文献学两个方向培养硕士生人才。
目前研究院承担或完成“民间文献与京杭运河区域社会研究”“京杭运河文献整理与研究”“明清运河区域社会变迁”“明清山东运河河工、河政与区域社会研究”“明清时期京杭运河区域社会组织研究”“京杭运河与明清时期区域农业开发”“明清黄运地区的河工建设与生态环境变迁研究”“全新世以来东平湖变迁与黄河洪水关系及动力机制研究”等运河研究相关专题的国家级课题11项（含国家社科重点项目1项、一般项目9项、国家自然科学基金项目1项）、省部级课题12项，同国家民政部地名所合作横向课题“运河地名文化数据库”和“地名·运河丛书”，同江苏凤凰出版集团合作横向课题《中国运河志·文献卷》和《人物卷》；出版《中国运河历史文献集成（80册）》《明清山东运河区域社会变迁》《中国运河文献书目提要》《明清京杭运河沿线漕运仓储系统研究》等著作20余部，发表学术论文300余篇，获省级以上科研奖项10余项。建有“运河文物文献展览馆”和“运河民间文献整理室”，建成“运河文献数据库”（含传统文献与研究论著），在建“运河民间文献数据库”和“大运河智库平台”。在国内运河研究领域居于领先地位。